Eestis levinud koroonaviirusel on vähemalt kaheksa mutatsiooni
12. mai 2020, 16:54
Tartu Ülikooli teadlased analüüsisid kuuelt eestlaselt võetud koroonaviiruse (SARS-CoV-2) genoomseid järjestusi. Algse Hiinas levinud viirusetüvega võrreldes on Eesti viirusetüvedel avastatud kaheksa mutatsiooni, mida esineb ka mujal maailmas, ja kaks mutatsiooni, mida on seni leitud vaid Eestis.
„Kõik analüüsitud viirusetüved kuuluvad SARS-CoV-2 gruppi A2a, mille levik sai alguse tõenäoliselt Põhja-Itaaliast ja põhjustab praegu haigestumist peamiselt Euroopas,“ selgitas Tartu Ülikooli bioinformaatika spetsialist Aare Abroi. Lisaks Euroopas või mujal tekkinud mutatsioonidele on Eestis kohapeal viiruse genoomi tekkinud veel kaks mutatsiooni.
Edasised analüüsid peavad näitama, mitmel juhul on viirus Eestisse sisse toodud ja kui palju on see levinud kohapeal. Mutatsioonide mustri alusel võib Eesti viirusetüvesid siiski jagada kahte rühma. „Kas need rühmad langevad kokku Saaremaa ja Võru puhanguga, peab selgitama samuti edasine analüüs koos epidemioloogiliste ja kliiniliste andmetega,“ sõnas Tartu Ülikooli meditsiinilise viroloogia vanemteadur Radko Avi.
Uuringu esimeses etapis analüüsiti SARS-CoV-2 erinevaid genoomseid piirkondi kuuel viirusetüvel, mis leiti märtsikuu keskel võetud proovidest. Edasine eesmärk on järjestada viiruste täisgenoom suuremal hulgal Eesti patsientidel. See võimaldaks täpsustada viiruse levikuteid ja tuua selgust ka seni tuvastamata allikast pärit nakkusjuhtudesse.
Edasised analüüsid peavad näitama, mitmel juhul on viirus Eestisse sisse toodud ja kui palju on see levinud kohapeal.
Uuringu pikaajaline eesmärk on töötada välja metoodika uute, seni tundmatute viirusnakkuste analüüsiks ja tekitada sel alal kodumaine teadmus. See annaks Eestile võimekuse uurida ja diagnoosida sedalaadi nakkushaigusi välisriikide abist sõltumata.
Koroonaviiruste genoomseid järjestusi määrasid ja analüüsisid Tartu Ülikooli bio- ja siirdemeditsiini instituudi meditsiinilise viroloogia vanemteadur Radko Avi ja meditsiinilise viroloogia teadur Taavi Päll meditsiinilise mikrobioloogia professori Irja Lutsari töörühmast ning tehnoloogiainstituudi bioinformaatika spetsialist Aare Abroi. Sekveneerimisega toetasid neid genoomika instituudi sekveneerimislabori juhataja Tuuli Reisberg ja evolutsioonilise genoomika juhtivteadur Mait Metspalu ning arvutiteaduse instituudi teaduslik programmeerija Ulvi Gerst Talas. Anonüümset proovimaterjali jagas teadlastega SYNLAB ja uuringut rahastas Tartu Ülikool.