Põhilisteks vigadeks dokumendiregistri pidamisel on valesti täidetud metaandmed. Seetõttu pole arusaadav, kas dokumendid on digitaalsed, juurdepääsupiiranguga või millisel põhjusel ei võimaldata infole ligipääsu. Näiteks registreeritakse hanke pakkumused juurdepääsupiiranguga viieks aastaks, aga peale hankemenetluse lõppemist on tegemist üldjuhul avaliku teabega, kui see ei sisalda ärisaladust, eraelulise riivega teavet või muud juurdepääsupiiranguga infot.
Asutused ei võimalda sageli ka ligipääsu dokumentidele või e-kirjadele, millele ei ole kehtestatud juurdepääsupiirangut. Piirang on jäetud peale panemata, aga tehniliselt on dokument kättesaamatu. Puudujääke on esinenud ka sellega, et teiselt asutustelt saadud kirjad registreeritakse dokumendiregistris kirja saatja nimega kui eraisiku kiri ning sellele kehtestatakse juurdepääsupiirangu eraelu kaitseks.